Choix des modules de l'ED SVSAE

Offres de l'ED SVSAE

Découverte de la microscopie et de l’imagerie : de la molécule au tissu (SVSAE01)

• Langue : français
• Coordinatrices : Valérie Legué, PU UCA, (PIAF), Sophie Desset, IR Inserm, (GReD / CLIC)
• Intervenants: Thierry Astruc (QuaPA, Inrae), Christelle Blavignac (CICS, UCA), Géraldine Farge (LPC, UCA), Cédric Peirs (Neurodol, Inserm), Pierre Pouchin (CLIC, iGReD, Inserm), Caroline Vachias (CLIC, iGReD, UCA), Siet Van Den Wildenberg (LPC, UCA)
• Public cible : doctorants inscrits à l’Ecole Doctorale des Sciences de la Vie, Santé, Agronomie et Environnement
• Prérequis : aucun
• Durée : 4 jours, 20h00
• Nb maximum de participants : 30 personnes
• Validation : 1 module de l’Ecole Doctorale SVSAE
• Dates : du 8 juillet au 11 juillet 2025

Objectifs

L’objectif de ce module est d’offrir aux doctorant.e.s une formation dans les différents domaines de l'imagerie moléculaire, cellulaire et tissulaire. La théorie et les principes en microscopies photoniques et microscopie électronique sont présentés. Pour chacune de ces microscopies, les particularités, contraintes et avantages ainsi que leur complémentarité sont détaillés. Au cours des ateliers, la réalisation d’expériences permet de réaliser des applications concrètes de ces méthodes en biologie ainsi que l’analyse des données associées. Cette formation est aussi l’occasion d’identifier les méthodes d’imagerie adaptées afin de répondre à une problématique scientifique. Elle permet également de familiariser les étudiant.e.s avec les concepts de base du traitement et de l’analyse d’image. Cette formation bénéficie de l’accès à des systèmes de microscopie, situés sur les plateformes CLIC et CICS à Clermont-Ferrand.

Contenu

Présentation des différentes techniques de microscopie (3 h) : Définition et propriétés de l’image numérique - Les différentes parties d’un microscope - Les différentes modalités de la microscopie : photonique, super résolutive, électronique et imagerie chimique.

Caractérisation des structures cellulaires (3 h) : Préparation des échantillons pour l’observation in situ : de la fixation à l’obtention des coupes - Les types de colorations.

llustration de techniques autour d’ateliers aux choix (ouverture en fonction du nombre d’inscrit.e.s, 1 journée):
- Identification et localisation des acides nucléiques : Technique d’hybridation in situ (FISH) et observation en microscopie confocale.
- Imagerie chimique : Techniques d’imagerie InfraRouge (FT-IR), spectrométrie de masse MALDI-TOF
- Imagerie dynamique (in vivo) : Observation en conditions in vivo - Microscopie à feuillets de lumière (SPIM)
- Imagerie multiphotonique ex vivo : Observation de réseaux de neurones ex vivo- Microscopie 2-photons
- Préparation des échantillons et observation en microscopie électronique à transmission
- Spectroscopie de force acoustique (AFS) et microscopie de fluorescence de réflexion interne (TIRF)

Méthodes

• J1 après midi : théorie et visite CLIC
• J2 matin : Formation théorique (MET/MEB, préparation des échantillons) + visite CICS (site Dunant)
• J2 après-midi : analyse d’images (Dunant et Cézeaux)
• J3 : Ateliers en parallèle
• J4 matin : restitution des ateliers

Inscription de 2024-2025 via ADUM : https://adum.fr/script/formations.pl?mod=3628758&site=MINESPT

Concevoir son plan d’expérience en microscopie (SVSAE02)

• Langue : français
• Coordinatrices : Sophie Desset, IR Inserm, (GReD / CLIC).
• Intervenants : Thierry Astruc (QuaPA, Inrae), Christelle Blavignac (CICS, UCA), Géraldine Farge (LPC, UCA), Cédric Peirs (Neurodol, Inserm), Pierre Pouchin (CLIC, iGReD, Inserm), Caroline Vachias (CLIC, iGReD, UCA), Siet Van Den Wildenberg (LPC, UCA) 
• Public cible : doctorants inscrits à l’Ecole Doctorale des Sciences de la Vie, Santé, Agronomie et Environnement
• Prérequis : pratiquer ou avoir pratiqué au moins une technique de microscopie. Avoir un projet scientifique utilisant la microscopie à venir ou en cours
• Durée : 20h00 (une journée de conférences “Journée des microscopistes clermontois” et trois ½ journées autour des projets individuels (présentation des projets, tables ronde et ateliers)
• Nb maximum de participants : 12 personnes
• Validation : 1 module de l’Ecole Doctorale SVSAE
• Dates :  

Objectifs

• Acquérir une démarche pour concevoir un plan d’expérience complet en microscopie de la préparation de l’échantillon jusqu’à l’analyse des images en intégrant les pratiques FAIR de la science ouverte ;
• Connaître l’offre technologique du site en microscopie ;
• Savoir présenter un projet scientifique ;
• Découvrir des techniques ou des applications dans le champ de la microscopie.

Contenu

 Les outils pour concevoir un plan d’expérience en microscopie
1. Table ronde (1/2 journée)
Une table ronde réunira les doctorants et des personnels de plateformes de microscopie et d’analyse d’images. Les doctorants présenteront leur projet de recherche pour expliquer leurs besoins en imagerie. La table ronde portera sur les choix technologiques et prendra en compte en compte toutes les étapes du projet.

2. Anticiper les principales étapes d’un plan d’expérience (1/2 journée)
Les doctorants seront amenés à se questionner sur les limites, la reproductibilité, les bonnes pratiques, la méthodologie concernant la production d’images digitales et leur analyse afin de concevoir un plan d’expérience complet en microscopie. Ces questions seront abordées au travers de publications proposées en amont pour une restitution lors de cette demi-journée.

3. Etude de cas (1/2 journée)
Un atelier permettra de concevoir des plans d’expérience parmi les projets des doctorants.

Journée des microscopistes clermontois
La « Journée des Microscopistes Clermontois » rassemble tous les deux ans les utilisateurs et le personnel des plateformes de microscopie du site. Elle propose des conférences et la visite d’un plateau technique. Les conférences présentent les résultats scientifiques obtenus avec les différents équipements ou un éclairage technologique sur un principe, une application ou un achat récent. La journée est complétée par un workshop le lendemain pour découvrir une technique d’acquisition d’image ou d’analyse.
Les doctorants sont les modérateurs de la Journée des Microscopistes Clermontois. Ceux d’entre eux ayant un projet avancé pourront y présenter leurs résultats. Le programme sera vu ensemble pendant la seconde ½ journée.

Découverte d’une technique de microscopie
Chaque doctorant découvrira au moins une technique qu’il ne connaît pas en visitant une plateforme en fin d’atelier ou en assistant au workshop proposé le lendemain de la JMC.

Méthodes

• Formation théorique : conférences
• Ateliers pratiques : pédagogie inversée à partir d’articles, table ronde, visites de plateforme.

Inscription de 2024-2025 via ADUM : https://adum.fr/script/formations.pl?mod=3628752&site=MINESPT

Le végétal, une réponse au concept One Health : entre recherches fondamentales et problématiques d’entreprises (SVSAE03) en 2025-2026

• Langue : français
• Intervenants / Coordinateurs : Laurent DEROUSSI (Mr), Nathalie GRANGEON (Mme)
• Public cible : doctorants inscrits à l’Ecole Doctorale des Sciences de la Vie, Santé, Agronomie et Environnement
• Prérequis : aucun
• Durée : 20h00 
• Nb maximum de participants : 12 personnes
• Validation : 1 module de l’Ecole Doctorale SVSAE
• Pas de dates en 2024-2025

Objectifs

• Sensibiliser au sujet One Heath
• Découvrir les interconnexions entre l’humain, le végétal et l’animal
  • Travail de la transversalité – vision 360° sujet fondamental scientifique / sujet d’innovation appliqué
  • Découvrir le monde de l’entreprise : Échanges collaboratifs avec les entreprises : préparation en amont pour questionnement des entreprises + interaction avec les entreprises
• Acquérir des compétences en animation, médiation, communication, vulgarisation…
  • Animation de débat/médiation & engagement des étudiants
  • Réflexion autour de : l’attractivité du territoire, dynamiser des collectifs/écosystèmes

Contenu

L’ambition du module serait d’aborder, dans un souci de transversalité, le concept One Health sur les aspects de santé humaine, santé animale et santé environnementale et d’investiguer plus précisément le rôle du microbiote au travers de ces 3 piliers.
L’idée est de permettre aux doctorants de se confronter aux problématiques appliquées et retrouvées en entreprise sur ce sujet, tout en restant en adéquation avec les avancées scientifiques et techniques de leurs travaux au sein de leur équipe de laboratoire.
Le module se décline sur 4 journées thématiques entre présentations scientifiques, échanges en doctorants, chercheurs et acteurs socio-économiques du territoire clermontois ainsi que des visites d’entreprises et a pour but d’aboutir à la création, via la restitution - de manière ludique et pédagogique - de leurs échanges avec les différents intervenants, d’une animation lors de la Clermont Innovation Week ; évènement phare de l’innovation en Auvergne.

Inscription de 2025-2026 via ADUM :

Statistique R (SVSAE04)

• Langue : français
• Intervenants / Coordinateurs : Pierre Osteil
• Public cible : doctorants inscrits à l’Ecole Doctorale des Sciences de la Vie, Santé, Agronomie et Environnement et ayant des besoins d’analyses de données de transcriptomique
• Prérequis : aucun
• Durée : 16h
• Nb maximum de participants : 20 personnes
• Validation : 1 module de l’Ecole Doctorale SVSAE
• Dates :  

Objectifs

Aujourd’hui les analyses de données issues de séquençage à haut débit sont omniprésentes dans les laboratoires de recherche. De nombreux étudiants ont exprimé leurs difficultés à appréhender ce type de données lors de leur doctorat.
Le scénario classique est que l’étudiant génère les échantillons et les fasse séquencer. Ensuite, il devient dépendant de plateformes d’analyses bioinformatiques, souvent surchargées, entraînant des délais considérables dans la génération des résultats et une perte de souveraineté dans leurs analyses.
Ce module de formation est réservé aux doctorants de l’ED SVSAE ayant des besoins dans le domaine de la transcriptomique. L’objectif pédagogique est de former les doctorants qui n’auraient aucune base de code à l’analyse de transcriptome afin qu’ils soient autonomes dans leurs analyses.

Contenu

• Prise en main de l’outil et fondamentaux : 4h
• Analyses de tableaux de qPCR et/ou d’imagerie : 4h
• Analyses de RNA-seq en population totale : 4h
• Analyses de RNA-seq en cellules uniques : 4h

Méthodes

Chaque étudiant utilisera une session R Studio en machine virtuelle et devra coder selon mes instructions. Le code sera réalisé en autonomie, et les étudiants devront produire un fichier html qui contiendra l’ensemble de leur code.
 

Inscription de 2024-2025 via ADUM : https://adum.fr/script/formations.pl?mod=3628758&site=MINESPT

Analyse d’images de microscopie avec ImageJ (SVSAE05)

• Langue : français
• Intervenants / Coordinateurs : C. Peirs (Neuro-Dol) ; P. Pouchin (iGRED) ; H. Aligot (iGRED)
• Public cible : doctorants inscrits à l’Ecole Doctorale des Sciences de la Vie, Santé, Agronomie et Environnement
• Prérequis : avoir un projet scientifique utilisant des images de microscopies à venir ou en cours
• Durée : 20h
• Nb maximum de participants : 10 personnes
• Validation : 1 module de l’Ecole Doctorale SVSAE
• Dates :  

Objectifs

L’objectif de ce module est d’offrir aux doctorant.e.s une formation permettant de découvrir les possibilités offertes par le logiciel ImageJ pour l’analyse d’images de microscopie. Seront abordées les bases du traitement et de l'analyse des images numériques en biologie, ainsi qu’une introduction au principe des macros. Les enseignements seront réalisés par une équipe pédagogique composée de biologistes, spécialistes de l'imagerie scientifique.

Contenu

Jour 1 matin :

• téléchargement / installation ImageJ
• rappels sur les images numériques / ouvrir des fichiers avec ImageJ

Jour 1 après-midi :

• rappels théoriques d'analyse d'images & quantification
• mise à niveau sur le logiciel ImageJ
• ouverture d'images, navigation, visualisation
• modification des propriétés de l'image

Jour 2

• traitement des images sous ImageJ
• Introduction aux filtres
• transformations arithmétiques / géométriques
• piles d'images & hyperstacks
• segmentation des images sous ImageJ
• techniques de seuillage / production de masques
• outils de morphologie mathématique
• outils de sélection / ROI Manager
• mesures avec l'outil Analyze Particles

Jour 3

• automatisation du traitement des images
• traitement d'images en batch
• introduction à la programmation en macros
• découverte des plugins sous ImageJ
• étude de cas à partir de VOS images !

Méthodes

• Théorie, exercices pratiques, étude de cas
• Pour adapter au mieux la formation à vos besoins, merci de joindre une image-type lors de votre inscription et de bien décrire vos attentes.

Inscription de 2024-2025 via ADUM : https://adum.fr/script/formations.pl?mod=3628754&site=MINESPT

Faire partie de l’organisation d’un événement en lien avec les disciplines scientifiques de l’Ecole Doctorale (SVSAE09)

• Langue : -
• Durée : variable (il s’agit d’un investissement conséquent sur les semaines précédant l’événement )
• Validation : 1 module de l’Ecole Doctorale SVSAE
• Inscription : Une fois votre requête de validation par email acceptée, vous devrez déclarer la formation via ADUM dans “Formation Hors Catalogue” sous le nom : “SVSAE_Organisation Evenement : XXXX_202X” où “XXXX” est le nom de l’événement et “202X” l’année durant laquelle il a eu lieu.
• Justificatif : Vous devrez déposer un document pdf détaillant :
  • le NOM de l’événement ;
  • le LIEU et les DATES de l’événement ;
  • votre rôle dans l’organisation, en résumant en quelques lignes vos activités ;
  • un volume horaire de votre implication (en heure) ;
  • le document doit être signé par un organisateur.

Veillez à reporter les informations ci-dessus dans le descriptif de la formation sur ADUM.

Programme

Organisation de la Semaine du cerveau / courant MARS

Organisée chaque année au mois de mars depuis 1999, la Semaine du Cerveau est coordonnée en France par la Société des Neurosciences. Cette manifestation internationale, imaginée par la Dana Foundation, est organisée simultanément dans une centaine de pays et plus de 100 villes en France. Elle a pour but de sensibiliser le grand public à l’importance de la recherche sur le cerveau. C’est l’occasion pour de nombreux chercheurs et chercheuses de rencontrer le public et de partager avec lui les avancées obtenues dans les laboratoires de recherche en neurosciences, d’en présenter les enjeux pour la connaissance du cerveau et les implications pour notre société. Pendant toute cette semaine, le grand public pourra aller à la rencontre des acteurs et actrices de la recherche pour apprendre à mieux connaître le cerveau et s’informer sur l’actualité de la recherche.

Offres de l'Etablissement

Attention, la validation d'un ou des modules de Biologie passe par le dépôt sur ADUM de l'attestation de validation de la formation.

Expérimentation animale de Niveau 1 (SVSAE06)

• Langue : français
• Responsable formation : Claude BEAUDOIN (iGRED, claude.beaudoin@uca.fr)
• Public cible : doctorants inscrits à l’Ecole Doctorale des Sciences de la Vie, Santé, Agronomie et Environnement
• Prérequis : avoir un projet scientifique impliquant la conception ou réalisation de procédures expérimentales incluant l’utilisation d’espèces animales
• Durée : 25h00 + 39h00
• Prix : 
  • Module Général : 500.00€
  • Module Rongeurs et lagomorphes : 700.00€
  • Module Animaux de rente : 600.00€
• Nb maximum de participants : 
  • Module rongeurs et lagomorphes : 25 pers. max
  • Module Animaux de rente : 15 pers. max
• Validation : 2 modules de l’Ecole Doctorale SVSAE
• Agréments :   Cette formation est approuvée par le Ministère de l’Agriculture, de l’Agroalimentaire et de la Forêt sous l’intitulé « Sciences de l’animal de laboratoire »
  • N° d’agrément pour la spécialité « Rongeurs et Lagomorphes » : R-63UnivPASCAL-F1-09
  • N° d’agrément pour la spécialité « Animaux de Rente » : I-63UnivPASCAL-F1-14

Objectifs

Etre capable de pratiquer des expériences sur les animaux vivants dans le respect de la réglementation et de l’éthique (règle des 3 R).

Programme

La formation se compose obligatoirement de 2 modules :

• Un module général obligatoire
• Un module spécifique d’espèces au choix parmi les 2 modules suivants :
  • « Rongeurs et lagomorphes »
  • « Animaux de rente »

Module général : (25 heures)

• Réglementation française appliquée à l’expérimentation animale
• Principes éthiques concernant les relations entre l’homme et l’animal, valeur intrinsèque de la vie et arguments pour ou contre l’utilisation d’animaux à des fins scientifiques. Règle des 3 R ; rôle et fonctionnement des comités d’éthique
• Ethique appliquée, mise en oeuvre des 3R
• Méthodes alternatives (principes généraux)
• Méthodes alternatives mise en oeuvre dans la conception du projet
• Connaissances de base de la biologie comparative des espèces : critères de choix du modèle
  • Recours aux points limites adaptés : mise en oeuvre
  • Recours aux points limites adaptés : critères de choix des points limites
  • Méthodes d’Euthanasie : principes généraux
  • Evaluation

Modules spécifiques : (39 heures)

• Procédures expérimentales faiblement invasives : éléments théoriques par groupe d’espèces
• Procédures expérimentales faiblement invasives : éléments pratiques par groupe d’espèces
• Connaissances de base de la biologie pour un groupe d’espèces,
• Reconnaissance des signes de détresse de douleur et de souffrance propres aux espèces
• Anesthésie analgésie pour le groupe d’espèces considéré 
• Méthodes d’euthanasie par espèce
• Gestion et suivi de la santé animale et de l’hygiène
• Équipements et matériel d’animalerie : description, utilisation, entretien (module animaux de rente), 
• Conception des procédures expérimentales et des projets
• Evaluation

Initiation à la chirurgie expérimentale des rongeurs (SVSAE07)

• Langue : français
• Responsable formation : Jean-Christophe Pointud (j-christophe.pointud@uca.fr ; iGRED)
• Public cible : doctorants inscrits à l’Ecole Doctorale des Sciences de la Vie, Santé, Agronomie et Environnement. La formation à la chirurgie est nécessaire pour les personnes amenées à pratiquer des actes chirurgicaux sur les animaux utilisés à des fins scientifiques (Arrêté du 1er février 2013 relatif à l’acquisition et à la validation des compétences des personnels utilisateurs, éleveurs et fournisseurs d’animaux utilisés à des fins scientifiques)
• Prérequis : Formation expérimentation animale niveau 1 ou niveau 2 ou formation pour les personnels concevant ou appliquant des procédures expérimentales aux animaux.
• Durée : -
• Prix : 1100€
• Nb maximum de participants : 20 pers. max
• Validation : 2 modules de l’Ecole Doctorale SVSAE
• Agréments :   Cette formation est approuvée par le Ministère de l’Agriculture, de l’Agroalimentaire et de la Forêt sous l’intitulé « Sciences de l’animal de laboratoire »
  • N° d’agrément pour la spécialité « Rongeurs et Lagomorphes » : R-63UnivPASCAL-F1-09
  • N° d’agrément pour la spécialité « Animaux de Rente » : I-63UnivPASCAL-F1-14

Objectifs

• Obtenir l’autorisation de pratiquer des actes chirurgicaux sur les animaux.
• Cette formation est approuvée par le ministère de l’agriculture (R-63UnivPASCAL-Chir-09).
• Cette formation réglementaire est spécialisée dans les rongeurs.

Programme

• Organisation de la chirurgie animale
• Phase préopératoire : antisepsie, asepsie, matériel, locaux
• Prémédication, anesthésie, monitoring, analgésie, mise à mort
• Actes élémentaires : incision, hémostase, dissection, sutures
• Actes spécifiques :
  • cathétérisme,
  • implantation chronique
  • Exérèse
  • Implantation d’ovocytes
  • Suivi et soins post opératoires

Formation pour Application des procédures expérimentales sur animaux vivants (niv2) (SVSAE08)

• Langue : français
• Responsable formation : Claude BEAUDOIN (iGRED, claude.beaudoin@uca.fr) avec l'intervention de maîtres de conférences UCA, docteurs vétérinaires, professeurs UCA
• Public cible : doctorants inscrits à l’Ecole Doctorale des Sciences de la Vie, Santé, Agronomie et Environnement et ayant déjà suivi la formation “Expérimentation Animale de Niveau 1” ou une formation équivalente
• Prérequis : formation “Expérimentation Animale de Niveau 1” ou une formation équivalente
• Durée : 5 jours (45h)
• Prix : 1000€
• Nb maximum de participants : 24 pers. max
• Validation : 2 modules de l’Ecole Doctorale SVSAE

Objectifs

Maîtriser la théorie et la pratique de l'expérimentation sur animaux vivants conformément à la législation en vigueur (Directive Européenne 2010/63UE et décret du 1er février 2013 en la matière). Formation adressée aux personnels techniciens, étudiants appliquant les procédures sur animaux vivants (rat -souris exclusivement).

Programme

Module bases (13h00)

• Réglementation (2h)
• Ethique (2h)
• Méthodes alternatives (2h)
• Biologie comparative des espèces (3h)
• Points limites (2h)
• Mise à mort (2h)

Module Spécialisation rongeurs (36h00)

• Procédures faiblement invasives (3h cours + 4h TD)
• Conception procédures / projets (2h cours)
• Hygiène et sécurité (2h cours)
• Physiologie anatomie (2h cours)
• Génétique (2h cours)
• Comportement éthologie (2h cours+ 4h TP)
• Méthodes de mise à mort (2h cours)
• Zoonoses, Santé animale (2h cours)
• Transport Réception Logement des animaux (2h cours)
• Anesthésie analgésie (2h cours)
• Stress Douleur (2h cours)
• Contrôle (1h)

Modules en externe (liste non-exhaustive)

Liste des Modules en externe

Vous pouvez valider d’autres modules proposés en dehors de l’environnement UCA.
Les règles pour les valider sont :

• la formation relève du champ disciplinaire du/de la doctorant.e et/ou présente un intérêt avéré dans le cadre de sa thèse ;
• la formation a une durée effective d’au moins 14h00 ;
• le/la doctorant.e demande l’accord préalable pour suivre la formation à la direction de l’Ecole Doctorale.

D’un point de vue pratique, vous écrirez à : edsvsae.dred@uca.fr un mail type tel que :

Bonjour,
Actuellement doctorant.e en XXXX (spécialité) au sein de l’unité de recherche XXXX (nom du labo),
j’ai vu la formation intitulé XX (nom de la formation),
proposée par XX (nom de l’entité proposant la formation),
ayant lieu les XX/XX/XXXX et XX/XX/XXXX,
pour une durée de XX heures.
Cette formation présente l’intérêt suivant dans le cadre de ma thèse : XXXX (au moins une phrase)
Ainsi, Madame, Monsieur, je vous sollicite aujourd’hui pour savoir si le fait de suivre cette formation pourrait me permettre de valider par équivalence un module de l’Ecole Doctorale SVSAE.
Vous remerciant par avance,
Bien cordialement.

Si vous disposez d’un document Word ou Pdf détaillant le programme et les informations de base demandées ici, n’hésitez pas à le joindre en pièce jointe lors de votre email de demande.

• le/la doctorant.e doit fournir un document issu de l’organisateur, justifiant de sa présence lors de la formation/événement.

Aussi, vous trouverez ci-après une liste de formations hors catalogue déjà reconnues par l’Ecole Doctorale des Sciences de la Vie, Santé, Agronomie et Environnement.

Métagénormique environnementale ou comment explorer une communauté de micro-organismes sans la cultiver

• Langue : français
• Inscription : pour vous inscrire à cette formation, veuillez écrire à : gestionnaire-codusmb.ddrv@univ-smb.fr en donnant votre matricule ADUM
• Durée : 1 semaine (32h30)
• Prix : Gratuit
• Validation : 1 module de l’Ecole Doctorale SVSAE

Objectifs

À la fin du cours, l'étudiant devrait possé der les connaissances suivantes :

• Diversité taxonomique et fonctionnelle des microbes dans différents écosystèmes
• Intéractions microbienne
• Évolution et adaptation des microbes
• Méthodes d'analyses des structures des communauté s microbiennes
• Compréhension et analyse de données de métagénomique environnementale.

1.  d'acquérir des notions de base en microbiologie environnementale et notamment
   1.  Acquérir des connaissances sur la diversité , les fonctions et les interactions des micro-organismes dans les milieux aquatiques,
   2. Comprendre les adaptations évolutives des microbes face aux changements environnementaux et interventions anthropiques.
2. Ce cours traitera aussi des méthodes d'analyses des structures des communautés microbiennes (méthodes conventionnelles, biologie moléculaire, génomique microbienne et métagénomique) avec un focus sur la métagénomique environnementale. Cette approche est un outil puissant car elle donne accès aux génomes des micro-organismes non cultivés. Elle permet non seulement de caractériser la diversité taxonomique, mais aussi la composition fonctionnelle des communautés microbiennes.

Programme

À travers ce module, vous aurez des cours magistraux (2h30 x 5), des travaux pratiques (16h) et dirigés (4h) afin d'apprendre à caractériser une communauté microbienne aquatique de l'échantillonnage à l'analyse des données de séquençage qu'ils génèrent eux même. Pendant ce cours d'une semaine, vous apprendrez des approches bioinformatiques pour analyser les données métagénomiques en incluant l'analyse des reads (taxonomique et fonctionnelle), leur assemblage, et comment construire des génomes assemblés par les métagenomes (MAGs).
Ce cours se fera sur le site de CARRTEL, à Thonon les bains, et durera une semaine complète (du 20 au 24 Janvier 2025).

Formation proposée par une autre Ecole Doctorale ou un EPST (CNRS, INSERM, INRAE, …)

• Langue : français, anglais, autres
• Durée : 12h minimum
• Validation : 1 module de l’Ecole Doctorale SVSAE
• Inscription : vous devrez vous débrouiller en ce qui concerne l’inscription à une formation hors de notre établissement.
  Vous pouvez vous adresser à votre gestionnaire via : edsvsae.dred@uca.fr au cas où l’organisateur de la formation vous demande des preuves concernant votre inscription en Diplôme National de Doctorat à l’EPE Université Clermont Auvergne.
  Une fois votre requête de validation par email acceptée, vous devrez déclarer la formation via ADUM dans “Formation Hors Catalogue” en y renseignant :
  • le nom
  • l’organisateur
  • les dates
  • la durée en heures
  • le lieu (si distanciel, le mentionner)
  • les objectifs
  • le programme (cela peut-être une synthèse en quelques points ou bien une phrase de résumé)
  • UNE ATTESTATION DE PARTICIPATION SIGNÉE (cela peut également être un badge numérique à nous transmettre non signé)

Cours de Master suivi PENDANT la période de Thèse  - Proposés par une composante de l’EPE Université Clermont Auvergne

• Langue : français, anglais
• Durée : 14h minimum (une UE de Master faisant généralement 24h00, il est tout de même encouragé de participer à l’intégralité de la formation)
• Validation : 1 module de l’Ecole Doctorale SVSAE
• Offre disponible à l'UCA : https://www.uca.fr/formation/nos-formations/catalogue-des-formations/par-type-de-diplome/masters
• Inscription : Pour l’inscription sur une UE, rapprochez-vous du secrétariat de la composante en charge du Master concerné.
  Vous pouvez vous adresser à votre gestionnaire via : edsvsae.dred@uca.fr au cas où l’inscription tarde..
  Une fois votre requête de validation par email acceptée, vous devrez déclarer la formation via ADUM dans “Formation Hors Catalogue” en y renseignant :
  • le nom de l’UE (ex : UE 224 Evaluation médico économique)
  • la mention du Master au sein duquel s’inscrit l’UE (ex : Master Santé Publique - Parcours 2 Evaluation en Santé [EVAL])
  • la composante organisatrice de la formation (ex : UFR de Médecine et des Professions Paramédicales)
  • le semestre de l’UE (ex : 1er semestre 2023-2024)
  • la durée en heures à laquelle vous avez assisté
  • les objectifs
  • le programme (cela peut-être une synthèse en quelques points ou bien une phrase de résumé)
  • UNE ATTESTATION DE PARTICIPATION SIGNÉE (cela peut également être un badge numérique à nous transmettre non signé)

Séjour de formation en laboratoire externe à l’Ecole Doctorale SVSAE ou une entreprise

• Langue : -
• Durée : 3 jours MINIMUM
• Validation : 1 module de l’Ecole Doctorale SVSAE
• Inscription : Une fois votre requête de validation par email acceptée, vous devrez déclarer la formation via ADUM dans “Formation Hors Catalogue” sous le nom : “SVSAE_Séjour externe en laboratoire/entreprise_XXXX_202X” où “XXXX” est le nom du laboratoire d’accueil ou l’entreprise et “202X” l’année de réalisation.
  Vous devez renseigner :
  • le nom de l’Unité de Recherche ou de l’Entreprise
    • Pour une Unité de Recherche :
      • NOM de l’unité (ex : Laboratoire de Physique de Clermont-Ferrand)
      • Code de l’unité (ex : UMR 6533)
      • Tutelle de l’unité (ex : UMR Université Clermont Auvergne + CNRS)
      • Adresse de l’unité (ex : 4 Av Blaise Pascal, 63170 AUBIERE, FRANCE)
    • Pour une Entreprise privée :
      • NOM de l’entreprise (ex : BOBO pharmaceutics)
      • SIRET de l’entreprise (ex : XXXXXXXX 00066 )
      • Adresse du site de séjour en entreprise (ex : 2 rue Victor Hugo, 63000 Clermont-Ferrand)
  • le nom de votre référent hiérarchique durant la période de séjour
    • NOM
    • Prénom
    • Statut/Fonction (Chercheur, MCF, PU, IGR, IGE si laboratoire ; nom du poste si entreprise)
  • la période du séjour (ex : 11/04/2023 → 09/05/2023)
  • la durée en heures du séjour
  • les objectifs du séjour (sous un format en points, avec au moins trois points)
  • un résumé des travaux et/ou missions effectuées (5-10 lignes)

Encadrement de stagiaires

• Langue : -
• Durée : 3 semaines
• Validation : 1 module de l’Ecole Doctorale SVSAE
• Inscription : Une fois votre requête de validation par email acceptée, vous devrez déclarer la formation via ADUM dans “Formation Hors Catalogue” sous le nom : “SVSAE_Encadrement de stagiaire 202X” où “202X” est l’année de réalisation.
  Vous devrez renseigner :
  • Niveau du stagiaire (3ème, 2nd, 1ère, Licence)
  • Temps de présence du stagiaire sur votre lieu de travail
  • Nature des missions/tâches/actions données et/ou conduites avec le stagiaires (pas besoin de tout énumérer)
• Justificatif : Chaque convention de stage, au sein desquelles vous devrez être désigné comme tuteur.trice de stage, devront être déposées comme pièces justificatives.

Programme

Si vous encadrez :

• un stagiaire d’observation de 3ème ou au lycée
• un stage d’étudiant de 3ème année de Licence

pour une durée totale CUMULÉE égale ou supérieure à 3 semaines, vous validerez 1 module de l’ED SVSAE.
Notez bien que :

• ce module peut-être validé “à cheval” sur plusieurs années de thèse. Si vous êtes en capacité de prouver que vous avez, par exemple, accueilli en stage un.e élève de seconde pendant une semaine en 2023, un.e étudiant.e de licence pendant deux semaines en 2024, alors vous validerez le module. L’important est que le total des différents stages dont vous avez été le tuteur.trice soit de 3 semaines.
• ce module ne peut être validé qu’une seule fois, il n’y aura de double validation si vous accueillez des stagiaires pendant 6 semaines cumulées.

Communication orale en anglais lors d’un congrès international et présence à la totalité de ce congrès (hors poster)

• Langue : anglais
• Durée : variable selon événement (entre une journée et 3 jours)
• Validation : 1 module de l’Ecole Doctorale SVSAE
• Inscription : Une fois votre requête de validation par email acceptée, vous devrez déclarer la formation via ADUM dans “Formation Hors Catalogue” en y renseignant sous le nom “SVSAE_Communication orale lors d’un Congrès International : XXXX_202X” où “XXXX” est le nom du congrès et “202X” l’année de réalisation.
  Devront figurer les informations suivantes :
  • Nom du congrès/séminaire
  • Organisateur du congrès/séminaire
  • Dates du congrès/séminaire
  • Lieu du congrès/séminaire
  • Durée de votre intervention orale
• Justificatif : 
  • attestation de participation signée des organisateurs du congrès ;
  • un mail de confirmation de participation ou un document pdf du programme contenant mention de votre intervention

Organisation des Journées Scientifiques de l’Ecole Doctorale SVSAE

• Langue : -
• Durée : variable (il s’agit d’un investissement conséquent sur les semaines précédant l’événement ; courant juin)
• Validation : 2 modules de l’Ecole Doctorale SVSAE
• Inscription : Une fois votre requête de validation par email acceptée, vous devrez déclarer la formation via ADUM dans “Formation Hors Catalogue” sous le nom : “SVSAE_Organisation des Journées Scientifiques de l’ED SVSAE 202X”
• Justificatif : L’organisation des JED se faisant en étroite collaboration avec la direction de l’ED SVSAE, votre investissement sera reconnu directement par la direction de celle-ci.

Programme

Chaque année, l'École Doctorale des Sciences de la Vie, de la Santé, de l’Agronomie, et de l’Environnement organise les Journées scientifiques de l'École Doctorale (JEDs), au cours desquelles les doctorants ont l'opportunité de présenter leurs travaux de thèse. Les meilleures présentations, orales ou écrites (posters), seront récompensées par un jury composé de chercheurs dont les domaines de compétence balayent une grande majorité de la recherche clermontoise en biologie.
Considérant la population importante de l’Ecole Doctorale SVSAE (environ 250 doctorant.e.s chaque année, toute année confondues), les JED sont un événement qui rassemble et crée l’opportunité de rencontres et d’échanges pluridisciplinaires.
L’organisation est le fruit du travail de la direction de l’Ecole Doctorale et d’un groupe de doctorant.e.s (env. 5-8) et l’ED tient à les remercier au travers d’une reconnaissance de deux modules de l’ED SVSAE.

Faire partie du Conseil Scientifique de l’Ecole Doctorale

• Langue : -
• Durée : il s’agit d’un investissement sur la durée, vous participerez au réunion du Conseil durant l’année.
• Validation : 1 module de l’Ecole Doctorale SVSAE
• Inscription : Une fois votre requête de validation par email acceptée, vous devrez déclarer la formation via ADUM dans “Formation Hors Catalogue” sous le nom : “SVSAE_Membre du Conseil de l’Ecole Doctorale_202X”
• Justificatif : L’organisation et la tenue des conseils se faisant en étroite collaboration avec la direction de l’ED SVSAE, votre investissement sera reconnu directement par la direction de celle-ci..

Description

le Conseil Scientifique de l’Ecole Doctorale réunit des Enseignants-Chercheurs et les acteurs investis dans la vie scientifique de l’Ecole Doctorale. Celui-ci prend les décisions concernant la politique d'attribution des allocations de recherche, l'organisation d'enseignements, l'organisation des comités de suivi de thèse, l'organisation du concours de l'ED et la mise en place d'actions particulières. Des places sont réservées à des doctorants.

Partenaire Scientifiques pour la Classe

• Langue : français
• Durée : 12h d’actions minimum
• Validation : 1 module de l’Ecole Doctorale SVSAE
• Inscription : Une fois votre requête de validation par email acceptée, vous devrez déclarer la formation via ADUM dans “Formation Hors Catalogue” sous le nom : “SVSAE_Partenaire Scientifiques pour la Classe_202X”
• Justificatif : Déposer une attestation de participation signée détaillant :
  ● L’établissement partenaire ;
  ● Le niveau de la classe où vous êtes intervenu ;
  ● la nature, le nombre et un descriptif des actions effectuées

Description

Partenaires scientifiques pour la classe est un dispositif proposant à des professionnels et des étudiants scientifiques d'assurer un rôle d'accompagnateur pour construire avec les enseignants une ou des séquences permettant la mise en oeuvre d'une démarche scientifique conforme aux programmes de l'école primaire.
Les "partenaires scientifiques" sont ainsi amenés à :

• présenter, expliciter des savoirs et savoir-faire scientifiques ;
• aider à la mise en oeuvre d'une démarche scientifique, privilégiant l'investigation et l'expérimentation,conduite sous la responsabilité de l'enseignant ;
• compléter la formation continue des enseignants dans une logique d'enrichissement mutuel et de partage de compétences.

Ces interventions et échanges, autant que la pratique scientifique, stimulent la curiosité et l'autonomie des élèves. Ils permettent le développement de l'esprit critique, dans l'objectivation de la réalité à partir de constats et de faits avérés, permettant de déconstruire des fausses représentations voire des croyances. La pratique scientifique permet par ailleurs de soutenir la pratique écrite et orale de la langue française et la pratique contextualisée des mathématiques.
C'est aussi en multipliant ces modalités d'enseignement et de formation que l'on motive et éveille des passions, voire que l'on crée des vocations, en tout cas que l'on développe des ambitions dès l'école primaire à chaque élève, et notamment aux filles, en présentant aux élèves des scientifiques, étudiants ou professionnels, incarnant le champ des possibles.