Métagénormique environnementale ou comment explorer une communauté de micro-organismes sans la cultiver
  • Langue : français
  • Inscription : pour vous inscrire à cette formation, veuillez écrire à : gestionnaire-codusmb.ddrv@univ-smb.fr en donnant votre matricule ADUM
  • Durée : 1 semaine (32h30)
  • Prix : Gratuit
  • Validation : 1 module de l’Ecole Doctorale SVSAE
Objectifs
À la fin du cours, l'étudiant devrait possé der les connaissances suivantes :
  • Diversité taxonomique et fonctionnelle des microbes dans différents écosystèmes
  • Intéractions microbienne
  • Évolution et adaptation des microbes
  • Méthodes d'analyses des structures des communauté s microbiennes
  • Compréhension et analyse de données de métagénomique environnementale.
  1.  d'acquérir des notions de base en microbiologie environnementale et notamment
    1.  Acquérir des connaissances sur la diversité , les fonctions et les interactions des micro-organismes dans les milieux aquatiques,
    2. Comprendre les adaptations évolutives des microbes face aux changements environnementaux et interventions anthropiques.
  2. Ce cours traitera aussi des méthodes d'analyses des structures des communautés microbiennes (méthodes conventionnelles, biologie moléculaire, génomique microbienne et métagénomique) avec un focus sur la métagénomique environnementale. Cette approche est un outil puissant car elle donne accès aux génomes des micro-organismes non cultivés. Elle permet non seulement de caractériser la diversité taxonomique, mais aussi la composition fonctionnelle des communautés microbiennes.
Programme
À travers ce module, vous aurez des cours magistraux (2h30 x 5), des travaux pratiques (16h) et dirigés (4h) afin d'apprendre à caractériser une communauté microbienne aquatique de l'échantillonnage à l'analyse des données de séquençage qu'ils génèrent eux même. Pendant ce cours d'une semaine, vous apprendrez des approches bioinformatiques pour analyser les données métagénomiques en incluant l'analyse des reads (taxonomique et fonctionnelle), leur assemblage, et comment construire des génomes assemblés par les métagenomes (MAGs).
Ce cours se fera sur le site de CARRTEL, à Thonon les bains, et durera une semaine complète (du 20 au 24 Janvier 2025).
Formation proposée par une autre Ecole Doctorale ou un EPST (CNRS, INSERM, INRAE, …)
  • Langue : français, anglais, autres
  • Durée : 12h minimum
  • Validation : 1 module de l’Ecole Doctorale SVSAE
  • Inscription : vous devrez vous débrouiller en ce qui concerne l’inscription à une formation hors de notre établissement.
    Vous pouvez vous adresser à votre gestionnaire via : edsvsae.dred@uca.fr au cas où l’organisateur de la formation vous demande des preuves concernant votre inscription en Diplôme National de Doctorat à l’EPE Université Clermont Auvergne.
    Une fois votre requête de validation par email acceptée, vous devrez déclarer la formation via ADUM dans “Formation Hors Catalogue” en y renseignant :
    ● le nom
    ● l’organisateur
    ● les dates
    ● la durée en heures
    ● le lieu (si distanciel, le mentionner)
    ● les objectifs
    ● le programme (cela peut-être une synthèse en quelques points ou bien une phrase de résumé)
    ● UNE ATTESTATION DE PARTICIPATION SIGNÉE (cela peut également être un badge numérique à nous transmettre non signé)
Cours de Master suivi PENDANT la période de Thèse  - Proposés par une composante de l’EPE Université Clermont Auvergne
  • Langue : français, anglais
  • Durée : 14h minimum (une UE de Master faisant généralement 24h00, il est tout de même encouragé de participer à l’intégralité de la formation)
  • Validation : 1 module de l’Ecole Doctorale SVSAE
  • Offre disponible à l'UCA : https://www.uca.fr/formation/nos-formations/catalogue-des-formations/par-type-de-diplome/masters
  • Inscription : Pour l’inscription sur une UE, rapprochez-vous du secrétariat de la composante en charge du Master concerné.
    Vous pouvez vous adresser à votre gestionnaire via : edsvsae.dred@uca.fr au cas où l’inscription tarde..
    Une fois votre requête de validation par email acceptée, vous devrez déclarer la formation via ADUM dans “Formation Hors Catalogue” en y renseignant :
    ● le nom de l’UE (ex : UE 224 Evaluation médico économique)
    ● la mention du Master au sein duquel s’inscrit l’UE (ex : Master Santé Publique - Parcours 2 Evaluation en Santé [EVAL])
    ● la composante organisatrice de la formation (ex : UFR de Médecine et des Professions Paramédicales)
    ● le semestre de l’UE (ex : 1er semestre 2023-2024)
    ● la durée en heures à laquelle vous avez assisté
    ● les objectifs
    ● le programme (cela peut-être une synthèse en quelques points ou bien une phrase de résumé)
    ● UNE ATTESTATION DE PARTICIPATION SIGNÉE (cela peut également être un badge numérique à nous transmettre non signé)
Séjour de formation en laboratoire externe à l’Ecole Doctorale SVSAE ou une entreprise
  • Langue : -
  • Durée : 3 jours MINIMUM
  • Validation : 1 module de l’Ecole Doctorale SVSAE
  • Inscription : Une fois votre requête de validation par email acceptée, vous devrez déclarer la formation via ADUM dans “Formation Hors Catalogue” sous le nom : “SVSAE_Séjour externe en laboratoire/entreprise_XXXX_202X” où “XXXX” est le nom du laboratoire d’accueil ou l’entreprise et “202X” l’année de réalisation.
    Vous devez renseigner :
    ● le nom de l’Unité de Recherche ou de l’Entreprise
       ○ Pour une Unité de Recherche :
          ■ NOM de l’unité (ex : Laboratoire de Physique de Clermont-Ferrand)
          ■ Code de l’unité (ex : UMR 6533)
          ■ Tutelle de l’unité (ex : UMR Université Clermont Auvergne + CNRS)
          ■ Adresse de l’unité (ex : 4 Av Blaise Pascal, 63170 AUBIERE, FRANCE)
       ○ Pour une Entreprise privée :
          ■ NOM de l’entreprise (ex : BOBO pharmaceutics)
          ■ SIRET de l’entreprise (ex : XXXXXXXX 00066 )
          ■ Adresse du site de séjour en entreprise (ex : 2 rue Victor Hugo, 63000 Clermont-Ferrand)
    ● le nom de votre référent hiérarchique durant la période de séjour
       ○ NOM
       ○ Prénom
       ○ Statut/Fonction (Chercheur, MCF, PU, IGR, IGE si laboratoire ; nom du poste si entreprise)
    ● la période du séjour (ex : 11/04/2023 → 09/05/2023)
    ● la durée en heures du séjour
    ● les objectifs du séjour (sous un format en points, avec au moins trois points)
    ● un résumé des travaux et/ou missions effectuées (5-10 lignes)
Encadrement de stagiaires
  • Langue : -
  • Durée : 3 semaines
  • Validation : 1 module de l’Ecole Doctorale SVSAE
  • Inscription : Une fois votre requête de validation par email acceptée, vous devrez déclarer la formation via ADUM dans “Formation Hors Catalogue” sous le nom : “SVSAE_Encadrement de stagiaire 202X” où “202X” est l’année de réalisation.
    Vous devrez renseigner :
    ● Niveau du stagiaire (3ème, 2nd, 1ère, Licence)
    ● Temps de présence du stagiaire sur votre lieu de travail
    ● Nature des missions/tâches/actions données et/ou conduites avec le stagiaires (pas besoin de tout énumérer)
  • Justificatif : Chaque convention de stage, au sein desquelles vous devrez être désigné comme tuteur.trice de stage, devront être déposées comme pièces justificatives.
Programme
Si vous encadrez :
  • un stagiaire d’observation de 3ème ou au lycée
  • un stage d’étudiant de 3ème année de Licence
pour une durée totale CUMULÉE égale ou supérieure à 3 semaines, vous validerez 1 module de l’ED SVSAE.
Notez bien que :
  • ce module peut-être validé “à cheval” sur plusieurs années de thèse. Si vous êtes en capacité de prouver que vous avez, par exemple, accueilli en stage un.e élève de seconde pendant une semaine en 2023, un.e étudiant.e de licence pendant deux semaines en 2024, alors vous validerez le module. L’important est que le total des différents stages dont vous avez été le tuteur.trice soit de 3 semaines.
  • ce module ne peut être validé qu’une seule fois, il n’y aura de double validation si vous accueillez des stagiaires pendant 6 semaines cumulées.
Communication orale en anglais lors d’un congrès international et présence à la totalité de ce congrès (hors poster)
  • Langue : anglais
  • Durée : variable selon événement (entre une journée et 3 jours)
  • Validation : 1 module de l’Ecole Doctorale SVSAE
  • Inscription : Une fois votre requête de validation par email acceptée, vous devrez déclarer la formation via ADUM dans “Formation Hors Catalogue” en y renseignant sous le nom “SVSAE_Communication orale lors d’un Congrès International : XXXX_202X” où “XXXX” est le nom du congrès et “202X” l’année de réalisation.
    Devront figurer les informations suivantes :
    ● Nom du congrès/séminaire
    ● Organisateur du congrès/séminaire
    ● Dates du congrès/séminaire
    ● Lieu du congrès/séminaire
    ● Durée de votre intervention orale
  • Justificatif : 
    • attestation de participation signée des organisateurs du congrès ;
    • un mail de confirmation de participation ou un document pdf du programme contenant mention de votre intervention
Organisation des Journées Scientifiques de l’Ecole Doctorale SVSAE
  • Langue : -
  • Durée : variable (il s’agit d’un investissement conséquent sur les semaines précédant l’événement ; courant juin)
  • Validation : 2 modules de l’Ecole Doctorale SVSAE
  • Inscription : Une fois votre requête de validation par email acceptée, vous devrez déclarer la formation via ADUM dans “Formation Hors Catalogue” sous le nom : “SVSAE_Organisation des Journées Scientifiques de l’ED SVSAE 202X”
  • Justificatif : L’organisation des JED se faisant en étroite collaboration avec la direction de l’ED SVSAE, votre investissement sera reconnu directement par la direction de celle-ci.
Programme
Chaque année, l'École Doctorale des Sciences de la Vie, de la Santé, de l’Agronomie, et de l’Environnement organise les Journées scientifiques de l'École Doctorale (JEDs), au cours desquelles les doctorants ont l'opportunité de présenter leurs travaux de thèse. Les meilleures présentations, orales ou écrites (posters), seront récompensées par un jury composé de chercheurs dont les domaines de compétence balayent une grande majorité de la recherche clermontoise en biologie.
Considérant la population importante de l’Ecole Doctorale SVSAE (environ 250 doctorant.e.s chaque année, toute année confondues), les JED sont un événement qui rassemble et crée l’opportunité de rencontres et d’échanges pluridisciplinaires.
L’organisation est le fruit du travail de la direction de l’Ecole Doctorale et d’un groupe de doctorant.e.s (env. 5-8) et l’ED tient à les remercier au travers d’une reconnaissance de deux modules de l’ED SVSAE.
Faire partie du Conseil Scientifique de l’Ecole Doctorale
  • Langue : -
  • Durée : il s’agit d’un investissement sur la durée, vous participerez au réunion du Conseil durant l’année.
  • Validation : 1 module de l’Ecole Doctorale SVSAE
  • Inscription : Une fois votre requête de validation par email acceptée, vous devrez déclarer la formation via ADUM dans “Formation Hors Catalogue” sous le nom : “SVSAE_Membre du Conseil de l’Ecole Doctorale_202X”
  • Justificatif : L’organisation et la tenue des conseils se faisant en étroite collaboration avec la direction de l’ED SVSAE, votre investissement sera reconnu directement par la direction de celle-ci..
Description
le Conseil Scientifique de l’Ecole Doctorale réunit des Enseignants-Chercheurs et les acteurs investis dans la vie scientifique de l’Ecole Doctorale. Celui-ci prend les décisions concernant la politique d'attribution des allocations de recherche, l'organisation d'enseignements, l'organisation des comités de suivi de thèse, l'organisation du concours de l'ED et la mise en place d'actions particulières. Des places sont réservées à des doctorants.
Partenaire Scientifiques pour la Classe
  • Langue : français
  • Durée : 12h d’actions minimum
  • Validation : 1 module de l’Ecole Doctorale SVSAE
  • Inscription : Une fois votre requête de validation par email acceptée, vous devrez déclarer la formation via ADUM dans “Formation Hors Catalogue” sous le nom : “SVSAE_Partenaire Scientifiques pour la Classe_202X”
  • Justificatif : Déposer une attestation de participation signée détaillant :
    ● L’établissement partenaire ;
    ● Le niveau de la classe où vous êtes intervenu ;
    ● la nature, le nombre et un descriptif des actions effectuées
Description
Partenaires scientifiques pour la classe est un dispositif proposant à des professionnels et des étudiants scientifiques d'assurer un rôle d'accompagnateur pour construire avec les enseignants une ou des séquences permettant la mise en oeuvre d'une démarche scientifique conforme aux programmes de l'école primaire.
Les "partenaires scientifiques" sont ainsi amenés à :
  • présenter, expliciter des savoirs et savoir-faire scientifiques ;
  • aider à la mise en oeuvre d'une démarche scientifique, privilégiant l'investigation et l'expérimentation,conduite sous la responsabilité de l'enseignant ;
  • compléter la formation continue des enseignants dans une logique d'enrichissement mutuel et de partage de compétences.
Ces interventions et échanges, autant que la pratique scientifique, stimulent la curiosité et l'autonomie des élèves. Ils permettent le développement de l'esprit critique, dans l'objectivation de la réalité à partir de constats et de faits avérés, permettant de déconstruire des fausses représentations voire des croyances. La pratique scientifique permet par ailleurs de soutenir la pratique écrite et orale de la langue française et la pratique contextualisée des mathématiques. C'est aussi en multipliant ces modalités d'enseignement et de formation que l'on motive et éveille des passions, voire que l'on crée des vocations, en tout cas que l'on développe des ambitions dès l'école primaire à chaque élève, et notamment aux filles, en présentant aux élèves des scientifiques, étudiants ou professionnels, incarnant le champ des possibles.